Tiết kiệm chi phí và bảo vệ môi trường do: không sử dụng hóa chất nào, chỉ bổ sung nuôi cấy vi sinh ta có thể loại bỏ các chất ô  nhiễm ra khỏi nguồn nước một cách dễ dạng. Các hợp chất đó khó mà loại bỏ được ra khỏi nguồn nước bằng hóa chất. Vì thế vi sinh đóng vai trò rất quan trọng trong việc xử lý nước thải.